Ardent bâtisseur, il a souvent été fait appel à lui pour concevoir de nouvelles orgues à travers le monde. La conception du nouvel orgue de Saint-Eustache, confiée à la suite d’un appel d’offres européen aux frères Van den Heuvel installés à Dordrecht (Pays-Bas) et pilotée par Jean-Louis Coignet, alors expert-organier de la Ville de Paris, est très largement inspiré des conceptions de Jean Guillou. Cet instrument, entièrement financé par la Ville de Paris est inauguré par Jean Guillou en septembre 1989.
Depuis, il n’a cessé de faire vivre son instrument par des concerts, des masterclass et des enregistrements. Sa personnalité restera perpétuellement liée à cette tribune et à cette église.
Il était de ces musiciens qui marquent les consciences, il incarnait sa fonction de par son art, sa hauteur de vue et son esprit. Son style unique, inclassable, déroutant, donnait l’impression que chaque œuvre devenait sienne.
En septembre dernier, il assistait avec son épouse à la messe d’installation du Père Yves Trocheris. A cette occasion il a accepté de venir en septembre prochain donner à Saint-Eustache, un récital qui devait être la clé de voûte des festivités pour le 30ème anniversaire du grand orgue. Bien que ce concert n’aura pas lieu, un hommage lui sera rendu en reconnaissance de tout ce qu’il a accompli à Saint-Eustache.
Le curé, l’ensemble du clergé, les organistes, tous les musiciens, et l’ensemble de la communauté paroissiale se joignent à la douleur de la famille et lui présentent leurs plus sincères condoléances.